三圣鸟作为最著名的传说宝可梦，闪电鸟躲在无人发电厂最深处，沿着左侧墙壁直走就能找到；火焰鸟则栖息在1号岛灯火山的山顶，记得带上水系或岩石系的伙伴应对它的火焰攻击；急冻鸟需要先完成双子岛的推石解谜，用岩石堵住瀑布后才能见到它。超梦作为终极神兽，通关后才能在华蓝洞窟最深处遇到，建议保留大师球给它。
凤王和洛奇亚这两只传说中的宝可梦分别藏在1号岛下方草丛和3号岛右侧的土龙洞穴里，不过要先拿到船票才能前往这些岛屿。狩猎区是个特别的地方，那里有迷你龙这样的稀有宝可梦，但要用高级钓竿才能钓到，而且出现概率很低。卡比兽会在12号路和16号路各出现一次，需要用宝可梦笛子把它唤醒。
捕捉这些稀有宠物时，记得先削弱它们的血量，最好能让它们陷入睡眠或麻痹状态，这样成功率会大大提高。超级球和高级球比普通精灵球效果更好，但大师球最好留给超梦或急冻鸟这样的难缠家伙。在遇到心仪的稀有宠物前一定要存档，失败了可以读档重来。
双子岛的推石解谜有特定顺序，如果推错了可能需要重新调整岩石位置。无人发电厂位于浅红市以北的岩山路，需要先拿到第五个徽章并学会冲浪术才能到达。七岛剧情完成后，还会开放诞生之岛这样的隐藏区域，那里能找到代欧奇希斯等幻兽。
集齐所有稀有宠物需要足够的耐心，有些可能要反复尝试很多次才能成功。多和其他训练师交流，了解他们的捕捉经验也是个不错的主意。记住合理分配资源，不要把所有高级球都用在一只宠物身上，后面可能还会遇到更稀有的家伙。
