进入五岛火箭队仓库需完成特定剧情并获取两组密码。首先需确保已通关主线剧情，击败四大天王并取得彩虹船票，该船票可在凯南岛的宝可梦研究所从比尔处领取，解锁七岛群岛的航行权限。随后前往一岛大型PC中心，与机器旁的工作人员对话触发红蓝宝石被盗事件，此事件为解锁后续岛屿探索的关键前置条件。
在此处遭遇火箭队成员，击败或对话后得知仓库首层密码为多多少少，少少多多。该密码直接关联仓库大门的首道验证机制，需准确记录。仓库因缺少第二组密码仍无法进入，需继续推进六岛相关剧情。第二组密码的获取需前往六岛的点之穴。通过水之步道与绿之步道进入记号森林，穿越森林抵达外岛的变化洞窟，再经遗迹山谷到达点之穴深处。在点之穴底层触发剧情事件：蓝宝石被火箭队研究员澄夫抢夺，澄夫会告知仓库第二组密码大大小小，小小大大。此密码与第一组密码共同构成完整的验证组合。
返回五岛后，在地图右下角定位火箭队仓库。在仓库大门输入两组密码（多多少少，少少多多及大大小小，小小大大）即可开启入口。仓库内部为多层迷宫结构，需应对传送带机关与火箭队成员的轮番挑战。建议提前准备解毒药、解眠药等状态恢复道具，并携带具备居合斩、怪力术等秘传技能的宝可梦以破除障碍。
仓库核心区域藏匿被夺走的蓝宝石及稀有宝可梦如唱歌波克比。击败驻守的火箭队成员后回收蓝宝石，需将其带回一岛PC中心交付工作人员以激活岛屿机器。此步骤不仅完成仓库探索，亦解锁七岛群岛的最终剧情线。
