隐藏任务，包括终将再起的涟漪、钟表把戏、坏孩子，好礼物、矛与盾，哐啷作声等，这些任务通常需要特定条件触发或在地图隐蔽位置探索完成。隐藏任务的奖励多为星琼、成就及特殊道具，部分任务涉及复杂解谜或NPC互动，需玩家仔细留意环境细节与对话选项。
触发隐藏任务的首要条件是推进主线剧情至特定阶段，例如终将再起的涟漪需完成前置主线后，在场景中观察NPC对话变化或特殊光影效果。探索过程中需注意地图未标注的角落，如黄金的时刻西北部校长室、折纸大学周边区域等位置常出现任务触发点。与场景中的可疑物品互动也可能获得线索，例如调查发光装置、破损书籍或特殊标记，部分任务如钟表把戏需按特定顺序激活19个钟表装置。
NPC交互是隐藏任务的核心机制之一。无忧堂的信需在星槎海中枢调查黄色书籍并撰写回信；机巧鸟七宗罪则需与桥上机械鸟对话触发多阶段任务。部分任务要求反复与同一NPC对话累计好感度，或完成其发布的支线链，例如脏兮兮的零件任务需通过四次物品递交解锁最终奖励。战斗类隐藏任务如银河球棒侠传说需配置特定角色组合，利用护盾与爆发技能应对精英怪机制。
梦境迷钟需破解黄金的时刻区域12处钟表谜题；三重权限则要求收集主控舱段的三重通行证。部分任务含时间限制或隐藏计时机制，如F233星球关卡需在倒计时内完成地图探索与BOSS战。基础奖励通常为10星琼与2个残晶，而复杂任务如鲛人泪可获巡镝与信用点；全收集类任务如19个钟表把戏会解锁专属成就。部分隐藏任务存在多结局分支，选择不同对话选项将影响奖励类型，例如碰瓷事件中选取高额信用点选项可获得额外资金。
