水战作为三国志战略版的核心玩法之一，兵种选择直接影响作战效果。水上作战时优先考虑水军适性高的武将，适性等级分为S/A/B/C四档，S适性武将可获得5%全属性增益，而C适性则会降低5%属性。吴国武将普遍水军适性较高，蜀国次之，魏国除少数武将外表现较差。通过提升船坞等级可改善武将适性，满级船坞能将B/C适性提升至A级，楼船的中级特性平稳还能使我军全体水军适性临时提升1级（S适性除外）。
赤壁之战剧本中的蒙冲、斗舰、楼船三类高级舰船需解锁船坞建造，其基础、中级、高级特性需逐步解锁。走舸作为基础舰船无需建造但属性较弱。水战中被击败会导致舰船损毁需重建，因此需合理分配高级舰船资源。襄樊之战剧本简化了船只系统，改为战船改装机制，通过水寨可对船只进行神行、坚韧、善水等六类改装，需根据行军或作战场景灵活切换。
水军兵种需注重属性克制与战术搭配。弓兵在远程攻击阶段具有优势，尤其搭配楼船时可发挥射程特长；枪兵凭借高爆发适合接舷战，配合焚舟指令能提升伤害但会增加伤兵损耗；骑兵机动性在渡江指令的隐身效果下可实现战术突袭。盾兵虽防御突出但受限于水战环境，需谨慎使用。特殊兵种如无当飞军或锦帆军能弥补速度短板，适合作为辅助单位。
同盟玩法中旗舰系统对兵种配置有特殊要求。旗舰作为水上核心建筑，其周围友军可获得士气恢复加成，因此需配置高续航兵种如弓兵或器械部队进行护卫。焚舟炬敌等同盟秘策会强化特定兵种能力，需提前协调成员统一配置蒙冲等对应舰船。水军都督职位可统筹舰队编队，建议将高防御舰船置于前排吸收伤害，后排配置输出型兵种。
